Die Heinkel Werke zählten zu ihrer Hochzeit über 3000 Mitarbeiter, viele davon waren Kriegsgefangene. Die Produkte der „Jenbacher Berg- und Hüttenwerke“ wurden eingestampft und stattdessen Kriegsmaterial erzeugt. Typische Kleinerzeugnisse waren nun Gleisketten für Panzerfahrzeuge. Die Hauptproduktion galt jedoch der Flugzeugindustrie. Neben dem Zusammenbau wurden auch Raketentriebwerke für die Messerschmitt Me163 erzeugt. Für die Umsiedlung der Südtiroler und Arbeiter der Heinkel Werke wurde die Tratzbergsiedlung errichtet.
Diese Häuser waren eine der ersten Häuser mit Bad in jeder Wohnung. 1940 baute man die große Halle 12 als Dreherei, da die Halle 3 als Dreherei viel zu klein wurde. Halle 4 war Kriegsbeute aus Frankreich, sie wurde am Platz des früheren Hochofens aufgestellt. Ab dem Jahr 1943 wurden die Heinkel Werke zu einem wichtigen Lieferanten für das V2-Programm (weltweit erste funktionsfähige Großrakete mit Flüssigkeitstriebwerk) 1944 war die Fliegergefahr so groß, dass man den halbfertigen Straßenstollen am Seehof (Achensee) als Produktionswerkstätte einrichten musste. Die Dreherei aus der Halle 12, Vorrichtungsbau, Härterei und Kontrolle wurden mit den nötigen Büroräumen ausgestattet.
Der Deckname der Anlage hieß: „DOLOMIT“ Des Weiteren wurde in Brixlegg-Kramsach eine große Prüfstation für Düsentriebwerke eingerichtet – Deckname „MAMOR“. Nach Vollendung des Werkes „MAMOR“ begann man im Tiergarten sofort mit dem Vortrieb großer Stollen, um so eventuell das gesamte Werk unterzubringen. 1945 rückte das Kriegsende immer näher. Das Werk sollte, um den Feind den Zugriff zu verhindern, gesprengt werden. Ein kleiner Teil beherzter Männer konnte es im letzten Moment doch noch verhindern.
Der Betrieb wurde stillgelegt. Schließlich marschierten die Amerikaner ein und wurden später von den Franzosen abgelöst. Sämtliche Maschinen und Materialien wurden nach Frankreich abtransportiert. Das Werk „MAMOR“ wurde in Kramsach zerstört und von Einheimischen geplündert. Nach dem beinahe vollständig ausgeräumten Hauptwerk in Jenbach wurde die Produktion mit den übriggebliebenen Männern langsam wieder begonnen. Zu dieser Zeit kam Herr Herbert von Pichler als Treuhänder in das Werk. Zuerst erzeugte man aus Aluminium Schüsseln, Töpfe, Pfannen und Fleischmaschinen. Die Halle 12 wurde als Reparaturwerkstätte für französische/österreichische Waggons eingerichtet. Als dieser Auftrag erledigt war, baute man liegende 1-Zylinder Dieselmotoren.
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